Экскурс в историю
Историческая летопись нашего образовательного учреждения берет свое начало в далеком 1886 году, когда было возведено одноэтажное здание двухклассного реального училища, где обучали детей железнодорожников станции Кавказская (ныне здание мастерских). Однако мест для обучения не хватало, и в 1910 году рядом с одноэтажным зданием было построено новое двухэтажное (ныне здание начальной школы) с центральным выходом в сторону железной дороги. В ряде документальных источников встречаются упоминания о том, что данное здание проектировалось (1903-1904 г.г.) архитекторами Петербургского проектного института и строилось практически одновременно с железнодорожным вокзалом. По замыслу эти здания составляли единый архитектурный ансамбль по улице Линейной.
После революции 1917 года железнодорожное реальное училище было преобразовано в железнодорожную семилетнюю общеобразовательную школу, где имелось семь классных комнат, занятия в которых проходили по сменам.
В 1925 году школа стала именоваться фабрично-заводской семилетней и получила имя Андрея Желябова.
А уже в 1929 году была преобразована в среднюю железнодорожную школу № 45 имени Желябова. В эти годы количество классных комнат стало увеличиваться за счет постепенного строительства еще одного здания (ныне основная школа).
В 1930 году за примерную постановку учебно-воспитательной работы школа № 45 имени Желябова заняла третье место среди школ РСФСР, за что было ей присвоено звание образцовой школы.
С началом Великой Отечественной войны, во время бомбежек фашистами железнодорожной станции, а также близлежащих улиц сильно страдали и здания. В 1941 году здание школы имени Желябова было разрушено частично, а находящаяся неподалеку школа имени Короленко была уничтожена полностью. Чтобы не прекращать обучение детей, было решено объединить учеников двух школ путем присоединения школы имени Короленко к школе имени Желябова, где занятия проходили в три смены вплоть до оккупации города. 
1942 год – за сбор денег и облигаций Государственного займа на строительство танка «Победа» учащиеся и работники школы № 45 получили благодарственную телеграмму от И.В. Сталина.
В 1943 году, отступая, немцы взрывали оставшиеся здания в городе, досталось и нашей школе - уцелело только маленькое здание мастерских. После освобождения Кропоткина от немецко-фашистских захватчиков, оставшиеся в городе учителя, родители и ученики школы своими силами приступили к расчистке завалов на территории школы, а позднее приняли активное участие в ее восстановлении.
Очень много для восстановления школы сделал в то время педагогический коллектив во главе с директором Золотницким А.С. (с 1943 по 1951 годы).
Уже в 1946 году было полностью восстановлено малое здание школы № 45, где занятия проводились только в мужских классах.
В 1954 году восстановлено и основное здание школы № 45 имени Желябова. 1 сентября того года вместе с мальчиками за школьные парты сели и девочки.
В 1957 году по просьбе учителей и учащихся школа имени Желябова была переименована в среднюю школу № 45
имени Дугинец. Проводилась большая поисковая работа, группы детей выезжали на родину П. Г. Дугинец, в школу приезжали её родственники и делились воспоминаниями.
В 1963 году школа получила название «Средняя железнодорожная политехническая школа № 45 имени П.Г. Дугинец».
В времена "демократической перестройки" с 1991 года школа № 45 утратила имя учительницы-революционерки И.П. Дугинец.
В 1992 году в порядке эксперимента школа стала "Государственным экономическим лицеем № 45" и взяла курс на экономический уклон в обучении.
В 1996 году по высоким результатам прохождения лицензирования за школой основательно закрепился статус Государственного лицея № 45.
1997 год – лицей передан в ведение городских органов управления и стал Муниципальной школой-лицеем № 45.
1999-2002 годы – участие в краевом эксперименте «Развитие личности учащегося через систему правового и гражданского образования и воспитания». Экспериментальная работа признана лучшей в крае, за что губернатором Краснодарского края был выделен грант еа развитие учебно-воспитательного процесса.
В 2002 году 45-я получила статус муниципального общеобразовательного учреждения «Лицей № 45».
С 2004 года участие во Всероссийском эксперименте по предпрофильному и профильному обучению. В этом же году за высокий уровень образовательно-воспитательной работы и распространение передового педагогического опыта коллектив лицея был награждён дипломом Департамента образования и науки Краснодарского края и цифровой видеокамерой.
2005 год – успешное прохождение аттестации и подтверждение статуса лицея.
2006 год – Управлением образования и науки г. Кропоткина номинирован на участие во Всероссийском конкурсе "Лучшие школы России", где стал одним из победителей от Краснодарского края и получил президентский грант в 1 млн. рублей.
С 2007 года лицей является экспериментальной площадкой ЗАО «Новый диск» (г.Москва) по апробации программного обеспечения, используемого в рамках образования школьников в России и ближнем зарубежье.
В 2008 году школам-миллионерам было разрешено повторное участие в конкурсе, "Лучшие школы России" с целью выявления эффективности использования выделенных ранее средств и актуальности поставленных задач на будущее. Мы рискнули, решив доказать, что первый миллион был не случаен и что «порох в пороховницах» в 45-ом лицее еще есть. В итоге, в копилке лицея и второй, заработанный президентский миллион! Дважды "Лучшая школа России" - это звучит гордо, но и ко многому обязывает...
С 1 сентября 2008 года в лицее введена единая школьная форма для учащихся всех классов с градацией по возрастам - 1-4, 5-8 и 9-11 классы. Оригинальные темно-синие сарафаны наших девочек стали не только эталоном школьного стиля в городе, но и настоящей "фишкой" лицея.
В 2009 году МОУ лицей № 45 внесен в Федеральный Реестр "Всероссийская Книга Почета" (свидетельство № 0002840).
По итогам Единого Государственного Экзамена (ЕГЭ) 2009-2010 учебного года лицей № 45 вошел в ДЕСЯТКУ ЛУЧШИХ лицеев и гимназий Краснодарского края.
Накануне 1 сентября 2011 года лицей № 45 стал одним из победителей краевого конкурса и вошел в число 51 Базовой школы края. Коллектив лицея получил право на ведение дистанционного обучения детей-инвалидов, учащихся из малокомплектных сельских школ и одаренных детей района. Кроме того, руководством
департамента образования и науки Краснодарского края директор нашего лицея Елена Юрьевна в конкурентной борьбе была избрана "ЛИЦОМ" Базовых школ края и выступила с докладом на краевой педагогической конференции, проводимой губернатором Александром Николаевичем Ткачевым. (презентация к докладу) Следует отметить, что в истории системы образования г.Кропоткина и Кавказского района впервые данной честью был удостоен представитель нашего города и района, а тем более, директор школы.
В декабре 2011 года департамент образования и науки подвел итоги конкурса на лучшее общеобразовательное 
учреждение, добившихся высоких результатов в обучении школьников в 2010-2011 учебном гоуд. В нем приняли участие 600 лучших школ из всех районов нашего края, но только 120 из них стали победителями, в числе которых и лицей №45 г.Кропоткина. В общем рейтинге школ-победителей наш лицей занял почетное второе место, а его учительский коллектив получил грант губернатора Краснодарского края А.Н. Ткачева в размере 366 тысяч рублей. Рейтинг...
В ноябре 2013 года лицей № 45 принимал участие во Всероссийском конкурсе "100 лучших школ России", организованном при участии и поддержке Комитета по образованию Государственной Думы РФ, Совета Федерации, Союза директоров ссузов России, Международной академии качества и маркетинга, где стал лауреатом в номинации "Лучший лицей", а директор лицея Елена Юрьевна была отмечена Почетным знаком "Директор года-2013". Торжественное награждение лауреатов конкурса состоялось в г.Санкт-Петербурге 29 ноября в рамках Всероссийского образовательного форума "Школа будущего: проблемы и перспективы развития современной школы России".
В 2015 году лицей вошел в перечень 100 лучших образовательных организаций Краснодарского края (ТОП-100), обеспечивающих высокий уровень подготовки выпускников. В качестве награды коллектив лицея получил губернаторский грант в размере миллиона рублей, который направлен как на реализацию образовательных программ, новое оборудование и поддержку лучших педагогов.
1 сентября 2019 года, решением педагогического коллектива, лицею № 45 г.Кропоткина присвоено имя Академика С.П. Королёва.
До 2020 года (до пандемии) лицей ежегодно входил в различные Всероссийские и региональные рейтинги лучших образовательных организаций Краснодарского края.
В разные годы 45-ой руководили:
